徹底除菌の意味が今ひとつわかりません。
尿素呼気試験で、2.5未満であれば、通常ピロリが全くいないことを表します。0でなければ少しはいるけど許容範囲という話ではなく、2.5未満なら完全に除菌できたと理解していただいてかまいません（0でない場合は大気中のC13を拾っています）。
除菌は抗生剤を大量に使いますので、不必要な時にはお止めになった方がいいと思います。
もし、偽陰性（本来は陽性だが、検査上陰性）がご心配なら、便中ピロリ抗原検査を追加されてはいかがですか？
両方、陰性なら偽陰性の可能性はかなり減りますよ。