その病院が大丈夫だと言っているようですし、詳細がわからないため、個別の件に関して絶対こうですというようなことは言えないのですが、一般論でお話しさせていただきます。
一般的には、ユービットを口に含んですぐに吐き出したあとの呼気を測定すると、ユービットが分解されたのと同様の二酸化炭素（13CのCO2)が多く検出されて、基準値としては役に立たなくなります。もう少し具体的に言うと、ピロリがいるときの2回目の呼気の結果のような値が出ます。
今回の場合も、基準値としては難があるようにも感じますが、病院が大丈夫だと言っているようですので、納得がいくまで、主治医の先生の説明（なぜ大丈夫か？）を聞いて下さい。