尿素呼気試験は、通常空気中にはあまりない13Cという、炭素の同位元素で作った尿素を服用します。ピロリ菌がいる場合は、ウレアーゼと言う酵素により、尿素は二酸化炭素とアンモニアに分解されます。この分解して作られた二酸化炭素が呼気中に出てくるので、これを測定します。
ピロリ菌がいない場合は、13Cの二酸化炭素は、検査前も後もどちらもないはずなのですが、空気中にも13Cは若干あるので、少々の誤差を生じ、ある程度の値を示します。
ですから、その結果の数値にもよりますが、前より後が小さいことは十分ありえます。
一般論から言えば、このような回答になりますが、詳細な数値なども問題になりますので、主治医の先生にご質問されてはどうでしょう。