薬の詳細がわからないので、あくまでも推測です。
もし、１次除菌でマクロライド系と胃薬、2次除菌でメトロニダゾールと胃薬、それぞれ朝、夕１週間なら除菌は難しいかもしれません。というか、その除菌の方法でのデータがないのでよくわかりません。
本来、ペニシリン（サワシリン）がアレルギーでダメな場合は幾つか決まった確立された除菌方法があるので、もし今回の除菌がダメな場合はピロリ菌の認定医を探して診てもらうのがいいでしょう。
残念ながら、ペニシリン抜きの除菌は保険がきかず、自費での診療（本来　になさんがなさった除菌も自費のはずですが・・・）になりますが、結構いい除菌率なのでオススメです。
絶対、除菌するようにしてください。
頑張ってください。