胃潰瘍、十二指腸潰瘍を繰り返しているのでしたらピロリ菌に感染している可能性も十分にありますから、ご心配ですね。
内視鏡下に組織をとって、顕微鏡で調べる鏡検法でしたら、問題ないと思いますが、健康保険を使った保険診療の範囲内では、静菌作用を有する薬剤（タケプロンはこれにあたります）を中止して２週間経たなければ、ピロリのチェックを行ってはならないと決められています。
ですから、いずれの検査をするにしてもタケプロンを内服したままでしたら、自費診療になります。
そのタケプロンですが、一時的にH2ブロッカー（ガスターなど）に変更できませんか？できれば、なんの問題もなく検査できますよ。