まず、当院では授乳中に除菌を行なっていません。理由は2点あります。
1点目は、確かにアモキシシリンもクラリスロマイシンも授乳中に内服可能ですが、除菌の際は両方ともかなり多くの量を内服し、かつ同時に内服するためです。
2点目は、授乳中でも大丈夫な胃潰瘍の薬となるとエソメプラゾール（ネキシウム）ではないかと思いますが、これを使った除菌の成功率はおおよそ60-70％で、ボノプラザン（タケキャブ）を使用した場合の93%に比べてかなり低くなります。
特にこの2点目を重要だと考えて除菌を行なっていません。早く除菌したい気持ちもわかりますが、成功率がこれほど下がるなら、1年ほど待っての除菌をお勧めしています。
よく、主治医の先生とご相談ください。
なお、尿素呼気試験のユービットに関しては、すみませんがなぜ授乳婦が使ってダメなのかがわかりませんので、そうおっしゃっている先生に注意事項は聞いてください。
ご希望されている回答でなくて申し訳ありませんがよろしくお願いします。