高齢者なら、一年であまり変化がない場合もありますが、41歳なら何らかの変化がある場合が多いと思います。ただ、もともと萎縮がそれほど進んでいないから変化がないと表現されたのかもしれませんし、なんとも言えません。
ちなみに、除菌前のピロリチェックと除菌判定は同じ方法でしたか？もし、違っている場合には除菌判定の偽陰性の可能性を考えて、前回の除菌判定とは別の方法。例えば、前回が尿素呼気試験なら便中ピロリ抗原検査がいいかもしれません。