匿名希望さんはピロリ菌の検査を健康保険を使った診療（保険診療）ではなく、保険を使わずにあなたが全額支払う自由診療で行ったのでしょうか？
現在のところ、ピロリ菌のチェックや除菌はいくつかの決められた病気（胃・十二指腸潰瘍、胃MALTリンパ腫、特発性血小板減少性紫斑病、早期胃がんに対する内視鏡的治療後胃の患者、慢性胃炎）の場合にしか保険診療での対応ができません。
また、その決められた病気でも症状から推測されるだけではなくきちんとした診断が必要で、特に慢性胃炎の場合には胃カメラでの診断が必要です。
そのため、今回のケースを保険診療の範囲でと考えるなら、胃カメラをしてみないと（胃の中の評価をしないと）除菌できないと言われたことは妥当だと思います。
次に、保険診療でなくて自由診療でもいいから除菌したいとあなたがおっしゃっているのなら、除菌自体は保険の制約がないので可能です。
しかし、除菌する目的は癌や潰瘍の予防ですが、
癌になりたくないという思いがあるなら、まずは、現時点では癌ではないという確認が必須だと私は考えています。
ですから、当院では何らかの理由で自由診療で除菌を望まれる患者さんにも、除菌前の胃カメラは強くお勧めしています。
今回のケースでは
どのような理由で胃カメラを勧められたのか質問文からは分かりませんが、いずれにせよ胃カメラはやった方がいいと考えます。
このことを踏まえて、主治医の先生にもう一度、胃カメラをする理由を尋ねて、あなたの考えもお話しした上で相談してみたらどうですか？