軽度の風邪症状の中での除菌治療

2.3日前から何となく風邪気味で、市販の風邪薬服用したりしなかったり…
喉の痛みと、咳がありましたが以前から予約していた除菌目的の為本日受診。
咳も治り殆ど症状も忘れてたほどで、特に医師には伝えておらず明日から内服開始となりました。
しかし午後から再度喉の痛みが出て、何となくだるいなぁと言う程度ですが、完全な体調も万全ではない中、明日から服用開始しても大丈夫なのか？
少し不安になりました。
発熱もなく多少の風邪症状なら除菌治療開始しても問題はないでしょうか？
又反対にこの薬が風邪症状にも効果あり、治療開始した方がむしろ良いですか？