ガッカリですね。
ただ、一次除菌の成功率は95%くらいです。ちゃんと最後まで飲めてからのアクシデントですから、除菌できてる可能性の方がはるかに高いですよ。
二次除菌できるかの話ですが、その発疹が薬疹かどうかにかかっています。おっしゃるように薬疹なら、次に何かが起こる時にはアナフィラキシーかもしれず、当院でも薬疹とわかって二次除菌をすることはありません。しかし、自費にはなりますが、ペニシリンもタケキャブも使わない除菌方法もありますから、万が一失敗でも、除菌できないわけじゃないです。
まずは、一次除菌の成功を期待しましょう。