おっしゃっている健診でのピロリ菌のチェックの仕方がわからないのでお答えしづらいのですが、一般論で言うと、健診ではよく血中ピロリ抗体検査を行います。これは、絶対にやめてください。人によっては数年に渡って抗体価が正常化しない場合があります。その場合、結果は陽性となってしまい、いらない心配をしなくてななりません。それよりも除菌後は除菌後胃がんを早期で見つけるために毎年胃カメラをお勧めします。その際に萎縮の程度があまりにも改善しないか、逆に増悪した場合に尿素呼気試験や便中ピロリ抗原検査を受けられたらいいと思います。