まず、少し誤解があるようです。抗生剤は数日間の服用を数回したぐらいではほとんど耐性にはなりません。頻回に、あるいは長期間に渡り服用したときに起こるものです。どの程度で耐性になるかは済みませんがわかりません。
また、クラリスロマイシン の耐性があるピロリ菌でも一緒にペニシリン系の抗生剤とタケキャブという制酸剤を使用した１次除菌を行った場合は成功する可能性の方が高いです（データによると８０％というものもあります）。
メトロニダゾールに関しては、さらに耐性ができにくいことがわかっています。
ですから、クラリスロマイシン、メトロニダゾールの服用歴があっても除菌はお勧めします。