除菌薬は、抗生物質（ばい菌をやっつける薬）と胃薬で構成されているので、胃は通常痛くなりません。調子がおかしいようでしたら、処方された病院にお問い合わせください。
また、1次除菌（1回目の除菌）中の飲酒は問題ありません。ですが、過度の飲酒は体調を崩すもとですから、やめられた方がいいですよ。