ご心配ですね。
まず、除菌できているかいないかに関してですが、この副作用と除菌の成否は関係ありませんのでご安心ください。
副作用がご不快でしたら、胃薬は服用して頂いていいですが、制酸剤はすでに服用しているので、他の種類のものがいいかと思います。