除菌薬を全て飲み終えたのでしたら、今回の除菌は特に妊活に問題はないです。
ただし、ここからは考え方の問題になるのですが、
おそらく、除菌判定は２ヶ月後以降になると思います（これより前ですときちんとした判定ができません）。
その際に、もし除菌できていないとなった場合は再度別の除菌薬を服用（2次除菌）することになりますが、この間の妊活は避けていただきたいです。
そこで、現在の大吉さんのお考えとして絶対に子供を授かるまでに除菌したいというのであれば、除菌判定の結果が出るまで妊活再開を待ったほうがいいでしょうし、その２ヶ月は待てないと言うのであれば見切りで妊活を行い、除菌が不成功（除菌成功率は９５％です）かつその時点で妊娠していた場合は２次除菌は出産、授乳後に行うという選択をすることもいいと思います。