大変でしたね。
胃潰瘍は、ピロリ菌除菌を行わないと再発しやすいので是非除菌をするようにしてください。
さて、ご質問に関してですが、このお話だけでは詳細が分からないので一般論としてお答えします。
通常、腹膜炎の治療には抗生物質（ばい菌を退治する薬）を使用しますし、状況によリますが制酸剤も使う可能性が高いです。これらのお薬の中にはピロリ菌がいるかどうかの判定を狂わせてしまうものがあるので、治療中にピロリ菌のチェックができない場合が多々あります。今回もこのような状況だったのではないでしょうか？