喫煙による、除菌への影響に関しては私は大きいとは思っていませんが、
あるとおっしゃる先生もいます。
また、そもそもピロリがいる人、あるいは　かつていた人は
もともとピロリがいない人に比べて、喫煙により胃がんを発症する確率が高くなるので
これを期に、禁煙されることをお勧めします。