健康診断の結果表と胃カメラをした病院の結果説明の紙（おそらく頼めば結果の説明を紙に書いてくれるはずです。診断書まではたいていは必要ありません）を持って、除菌をして欲しい病院に行ってください。
ピロリがいることと胃カメラでピロリ関連性の胃炎があることが分かり、またその診断日が明らかであれば保険適応で除菌ができます。
但し、あまり時間が経ってしまう（半年経つとまずはだめです）と保険適応になりませんのでできるだけ早く（できれば数ヶ月のうちに）受診してください。