大分、悩まれているようですね。
順番に行きましょう。
まず、タケキャブ内服中のピロリ菌検査は原則として偽陰性となる可能性がありまし、そもそも保険適応ではありませんので、保険診療ができません。
次に、萎縮性胃炎とはおそらく胃カメラでの診断かと思いますが、通常萎縮性胃炎がある場合にはピロリ菌が存在します。診断をつけた医師に萎縮性胃炎とのことだが、それはピロリ菌が今いるということなのか？あるいは既感染（以前はいたが、何らかの理由で除菌された）なのか？それとも、ピロリとは関係ない意味で萎縮性胃炎と診断したのか伺ってください。概ね、正解が得られるはずです。
その上で、ピロリ菌に感染しているという診断なら、早めにピロリ菌診断を行って、除菌してください。タケキャブやそれ以外のプロトンポンプ阻害薬(PPI)（正確にはタケキャブはPPIではないですが）の使用は、萎縮性胃炎を進行させます。
チェックの仕方ですが、一時的にH2ブロッカーという制酸剤に変更してチェックすることが普通です。
もし、どうしてもそれができないようなら、保険適応外なので自費診療になりすが、PPIを使用したまま便中ピロリ抗原検査を受けるのも一つの手です。
とりあえず、萎縮性胃炎の意味と、それから推測されるピロリの有無を主治医に確認してください。
もし、健診で受けたから詳細がわからないというなら、早めの胃カメラをお勧めします。
最後に、抗体価 5.8 は陰性高値と言って、陰性の可能性の方が高いが陽性の可能性も十分ありうる値です。