すべての検査には偽陰性、偽陽性（本来は陽性なのに検査上陰性となること、またその逆）があります。ですから、この情報だけで、どちらが正しい？と言われてもわからないというのが答えです。
　ただし、現状、健康保険の観点から言うといずれか一方が陽性ならば、除菌は保険で行っていいことになっています。
本当に一番いいのは、胃カメラの画像をきちんと検討して、実際にピロリがいるのかいないのか総合的に判断することです。胃カメラはおすみですか？おすみでしたら、主治医の判断を聞いてみてください。