ピロリに感染していないのに、除菌薬を服用する必要はないと思いますが・・・。
また、薬には必ず副作用のリスクもありますし、抗生剤の場合、耐性菌（抗生剤が効かなくなった菌）の発生の問題もあります。
必要のないことはしないほうがいいです。
必ず、ピロリ菌の有無をチェックしてから除菌してください。