服薬のタイミングと食事は関係ないので、食事の前後いずれでも大丈夫です。
しかし、経験上、タイミングを様々に設定すると忘れてしまいがちですので、その点ご注意ください。
また、市販の頭痛薬の服用は大丈夫ですが、あまりにひどい症状の場合は主治医にご相談された方がいいでしょう。
除菌、頑張ってください。