貧血治療の詳細がわからないので、最終的には主治医の先生とご相談いただきたいのですが、
一般的に貧血治療を鉄剤で行なっていても除菌可能です。
　胃の調子が悪い時の除菌ですが、これは原因によります。まずは、除菌前に胃カメラで調子が悪い原因を突き止めることが必須です。
　もし、原因が”かいよう”の場合は、除菌により”かいよう”の穿孔（穴が開くこと）の可能性がありますので、先に”かいよう”の治療を行なってください。
また、原因が”がん”の場合は、当然ですが”がん”の治療を一般的には優先します。
　最後に、鉄剤投与の際は胃薬を併用する場合が多いのですが、胃の調子がひどく悪いようでしたら、胃薬の種類に関して主治医の先生に検討してもらうこともいいかもしれません