まず、除菌できるかどうかに関しては、飲酒しなかった時と差がないと思ってください。
ただし、２次除菌のフラジール（メトロニダゾール）内服中の飲酒はアンタビュース様効果といって、頭痛、顔面紅潮、発汗、頻脈、動悸、血圧低下、悪心、嘔吐等の症状が出ることがあります。これは、血中のアセトアルデヒドの濃度が上昇するためですが、現在問題ないなら大丈夫かと思います。
しかし、私自身があなたを診察したわけではないので、処方した医師には連絡を入れてください。
また、この回答を読まれる他の方は、今回は大丈夫な様ですが、絶対に2次除菌中の飲酒はおやめください。